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局面僵持之时，联军内部却发生了变故。先是刘岱杀死桥瑁，让王肱当了东郡太守。接着袁绍和韩馥又考虑拥立幽州牧刘虞为帝，但曹操表示他还是拥戴长安的献帝，“诸君北面，我自西向”。从此，曹操就更加认为袁绍行事不正，为后来的官渡之战埋下伏笔。而刘虞最后也不敢接受，此事遂不了了之。册立新帝未成，袁绍却趁机胁迫韩馥，夺取了冀州。191年曹操讨伐入侵东郡的黑山军，袁绍上表朝廷推举曹操为东郡太守。192年四月，董卓被司徒王允和吕布所杀。

192年，青州的百万黄巾大军入侵兖州。兖州刺史刘岱不听济北相鲍信的劝阻，与黄巾军接战，结果被杀死。鲍信等便暗中使人到东郡迎接曹操，推举他担任兖州牧一职。后来与黄巾军战于寿张以东，历经苦战，鲍信战死，终于大破敌军。曹操一路追击至济北，最后逼降黄巾军，收编降卒三十余万并男女百余万口，又从中选出精锐，号称“青州兵”。到了这时，曹操作为一个地方势力才渐成气候。

来袁绍与荆州的刘表联手，袁术则与幽州的公孙瓒、徐州的陶谦相结以抗。这时的曹操是袁绍麾下的将领，刘备、孙坚也分别屈身于公孙瓒与袁术之下，是受其差遣调度的客将。正当曹操协助刘表，大破袁术于各地之际，陶谦却趁机攻打兖州东部的泰山郡，导致曹操的父亲曹嵩被杀。。针对这个事件，曹操于193年至194年间，二度讨伐陶谦，并在徐州当地展开格杀勿论的大屠杀。《后汉书》对此事则描录“男女数十万人惨遭杀害，即便鸡犬也不能幸免，泗水也因此堵塞不通。”曹操在此事件中表现出性格中的残忍嗜杀，亦多为后世诟病。但另一方面据《三国志·程昱传》所引裴注《魏书》的内容看，诛降卒在乱世，也是一件不得已的权宜做法，且合乎当时的战时律法，同样的故事可参看《三国志·武帝记》建安10年的一段记载。

194年至195年，曹操在兖州与吕布、张邈等交战，双方互有胜负，兖州之地也反复易主。曹操命荀彧、程昱坚守鄄城，并以此为根据地，终于击破吕布，平定兖州。朝廷也于此时正式承认曹操的兖州牧地位。

195年，汉献帝迁出长安，进驻安邑。次年，曹操听从谋士荀彧的建议，打算迎接皇帝，派曹洪率兵西进。不过此时皇帝（或其掌权之臣）对曹操仍有疑虑。但曹操势力强盛，数月之间又击破了汝南、颍川的黄巾军，朝廷乃封曹操为建德将军。稍后不久，升任镇东将军，且进封为费亭侯。费亭侯曾是曹操祖父曹腾的爵号，可见朝廷已对曹操寄以厚望。同年秋，汉献帝入驻洛阳。随后曹操也进军洛阳保卫京城，皇帝赐曹操节钺，标志着曹操对中央朝政的实际控制，“奉天子以令不臣”的局面形成。洛阳经董卓破坏，已残破不堪，董昭等劝曹操定都许。

两个月后，东汉迁都许。皇帝任命曹操为大将军、封武平侯。又封袁绍为太尉，袁绍耻居曹操之下，不肯接受。此时袁绍势力比曹操强大，因此曹操坚持把大将军一职让给袁绍，自己只任司空，行使车骑将军之职。

连年征战使得民生凋敝，曹操在《蒿里行》中描述：“白骨露于野，千里无鸡鸣”。还发生过由于粮食极度缺乏，人吃人的情形。为发展经济恢复民生，定都许昌之后，曹操采纳枣祗、韩浩的建议，实行屯田制。曹操因为奉戴天子，某种程度上促使汉朝“宗庙社稷制度”得以重建，这也吸引了许多拥护东汉朝廷的人才来归附，加之曹操用人有术，不停地举着天子旗号东征西讨，实力越来越强。

197年征讨张绣，张绣举众投降，之后因曹操纳张济之妻，张绣对这件事感到十分痛恨，于是袭击曹操，曹操在长子曹昂与校尉典韦殿后下逃亡，但曹昂与典韦也阵亡。此后，曹操又两次攻击张绣，都没有彻底击破。后来张绣接受谋士贾诩的建议，向曹操投降，曹操才取得对荆州北部的控制，并消除了许都南面的威胁。198年曹操用荀攸、郭嘉的计策，开决泗、沂二河之水灌入下邳，最后生擒吕布、陈宫，把徐州纳入势力范围。199年，曹操派史涣、曹仁击破张杨旧部眭固，取得河内郡，把势力范围扩张到黄河以北。