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为了恢复和发展生产，朱元璋十分重视兴修水利和赈济灾荒。在即位之初，朱元璋就下令，凡是百姓提出有关水利的建议，地方官吏须及时奏报，否则加以处罚。到1395年，全国共开塘堰大约40987处，疏通河流大约4162道，成绩卓然。朱元璋出身农民，深知灾荒给农民造成的痛苦，在他即位后，常常减免受灾和受战争影响的地区的农民的赋税，或给以救济。 　

朱元璋还十分爱惜民力，提倡节俭。他即位后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。按惯例，朱元璋使用的车舆、器具等物，应该用黄金装饰，朱元璋下令全部以铜代替。主管的官员报告说用不了很多黄金，朱元璋却说，他不是吝惜这点黄金，而是提倡节俭，自己应作为典范。在朱元璋积极措施的推动下，农民生产热忱高涨。明初农业发展迅速，元末农村的残破景象得以改观。农业生产的恢复发展，促进明代手工业和商业的发展。朱元璋的休养生息政策巩固了新王朝的统治，稳定了农民生活，促进了生产的发展。

明初，官僚机构基本上沿袭了元朝，朱元璋逐渐认识到其中的弊病，于是进行了改革。

首先是废除行省制。1376年，朱元璋宣布废除行中书省，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。 

在军事上，朱元璋废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。兵部有权颁发命令，但是不直接统帅军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。 

在中央机构改革的重点是废除丞相制。明初中书省负责处理天下政务，地位最高。其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任相后最甚。 

胡惟庸是凤阳定远人，1373年由右丞相升任左丞相。胡门生故吏遍于朝野，形成一个势力集团，威胁皇权。1378年，朱元璋对中书省采取行动。一天，胡惟庸的儿子骑马在大街上横冲直撞，结果跌落马下，被一辆过路的马车压了，胡惟庸将马夫抓住，随即杀死。朱元璋十分生气。十一月又发生了占城贡使事件。占城贡使到南京进贡，把象、马赶到皇城门口，被守门的太监发现，报与朱元璋，朱元璋大怒，命令将左丞相胡惟庸和右丞相汪广洋抓进监狱。但是，两丞相不愿承担罪责，便推说接待贡使是礼部的职责，于是，朱元璋便把礼部官员也全部关了起来。 

两相入狱，御史们理解了皇上的意图，便群起攻击胡惟庸专权结党。于是，1380年，朱元璋以擅权枉法的罪名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。 

朱元璋以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，胡案就成为他打击异己的武器，以致受牵连而被杀者达三万多人，最后太师韩国公李善长也受牵连，77岁的李善长全家被杀。 

接着，朱元璋又于1393年杀掉功臣蓝玉。蓝玉是明朝开国大将，被朱元璋封为凉国公。1391年，四川建昌发生叛乱，朱元璋命蓝玉讨伐，临行前，朱元璋面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说三次，竟无一人动身，然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了身影。这使朱元璋下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结束时，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。当吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党!”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪口呆，不再审了。三天后，朱元璋将蓝玉杀死，尔后，就是大规模的清洗和株连。胡、蓝两案，前后共杀四万人。 

对于朱元璋的滥杀，皇太子朱标深表反对，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗?现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而朱标却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”朱元璋大怒，拿起椅子就扔向太子，朱标只好赶紧逃走。 

朱元璋出身贫苦，从小饱受元朝贪官污吏的敲诈勒索，他的父母及长兄就是死于残酷剥削和瘟疫，自己被逼迫从小出家当和尚。所以，在他参加起义队伍后就发誓：一旦自己当上皇帝，先杀尽天下贪官。

后来他登基皇位不食言，果然在全国掀起轰轰烈烈的“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。他的办法很特别：