基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方(2)
时间:2019-03-01 09:45 来源:互联网 作者:Kim 点击:次
之后我们改进图像效果： 在图像上点右键，选View - Display Format 切换到Surface标签页，Format选Transparent。如果Fade mapped surface values没选上则选上。适当调节Transparent滑杆，使得色彩浓度合适，能清晰反映不同区域差异，同时图像又比较通透 在色彩刻度下限和上限的文本框里分别输入-0.001和0.001并按回车，使得色彩刻度上下限是比较整的数 最终图像效果如下，可见图像效果不错，图中越蓝的地方f-越大，亲电反应活性越高，这和在Multiwfn里看到的f-等值面图展现的分布特征是完全对应的。
这里顺带一说怎么在gview里通过f-.cub显示其等值面，经常有人问此类问题。启动gview，将f-.cub拖入gview，选Results - Surfaces/Contours，Density设个合适的值比如0.002，选Surface Actions - New Surface，即得到下图。紫色和青色分别对应等值面为正和为负的区域。如果要改等值面颜色，进入File - Preferences - Colors - Surface Colors，选Default项，然后修改颜色设定即可。
3 在VMD中绘制填色等值面图的过程 个人觉得在VMD里通过cube文件绘制的填色等值面图效果没gview好，操作也略微麻烦些，但好处是免费，而且比gview灵活得多，比如可以让Multiwfn把电子密度等值面上的福井函数的极值点位置找出来，导出成pdb文件，然后一起显示在VMD里，不过这点在本文不涉及，有兴趣可以参阅Multiwfn手册4.12.4节的信息和《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》里的步骤。 启动VMD，然后执行以下操作： Display - Rendermode - GLSL Display - Depth Cueing将雾化关掉 Display - Axes - Off关闭坐标轴 将N.cub拖进VMD Main窗口载入之，然后在出现的项目上点右键选Load Data into Molecule 点Browse，选择f-.cub，点Load载入之，再关闭窗口 在VMD命令行界面输入color Display Background white将背景改为白色 Graphics - Representation，Drawing Method设为CPK 点Create Rep新建用于显示等值面的层 Drawing Method设为Isosurface，Isovalue设0.01。Vol右边的选项改为Vol0: N.cub，Draw右边的选项改为Solid Surface，Show右边的选项改为Isosurface Coloring Method改为Volume，右边的选项改为“1:”，Material改为Transparent 点Trajectory标签页，Color Scale Data Range下面两个框分别输入-0.001和0.001，之后按回车（别输入一个后就按回车，必须两个都输入完再按一次回车） Graphics - Materials，选Transparent，把Opacity一项往右拉，使得填色等值面透明度降低，从而令表面的颜色更明显 最终图像如下，越蓝说明f-越正，和gview的图展现的信息一致
在VMD里如果想调节色彩刻度的颜色变化，可以进Graphics - Colors，点Color Scale，Method选其它的。 怎么在VMD里显示f-.cub的等值面本文就不说了，按照《使用Multiwfn观看分子轨道》（）里说的步骤做就行了，只不过是把分子轨道的cube文件改成f-.cub。 (责任编辑：admin) |
